Chùa Linh Ứng được xây dựng vào những năm nữa đầu thế kỷ 17 với chu vi khoảng 150m, chùa nằm trên sườn đông của đỉnh Hạ Thai thuộc hòn Thủy Sơn, tựa lưng vào vách núi, xoay mặt ra biển.
Về sự ra đời của ngôi chùa, theo tương truyền có vị Tiền Hiền hiệu Quan Chánh, thế danh Bửu Đài sống ở làng Khái Đông thuộc xã Hòa Hải, quận Ngũ Hành Sơn ngày nay, đã đến ẩn tu tại động Tàng Chơn và lập ra một thảo am trước động gọi là “Dưỡng Chơn Am”, sau đó ông sửa thành một ngôi chùa bằng tranh tre gọi là “Dưỡng Chơn Đường” và ngôi chùa tranh này là tiền thân của chùa Linh Ứng ngày nay.
Vua Gia Long trong một lần ngự du viếng cảnh ở Ngũ Hành Sơn, đã đến thăm và cho xây dựng lại chùa lớn hơn và đặt tên là “Ngự Chế Ứng Chơn Tự”. Đến năm 1825, vua Minh Mạng vi hành đến Ngũ Hành Sơn đã cho xây dựng lại chùa bằng gạch ngói khang trang hơn, sắc phong Quốc Tự cho chùa và đổi tên “Ngự Chế Ứng Chơn Tự” thành “Ứng Chơn Tự”. Đến đời vua Thành Thái năm thứ 14 – năm 1903, đích thân nhà vua ngự giá đến Ngũ Hành Sơn, thăm chùa Tam Thai và Ứng Chơn Tự, tại đây vua đã tổ chức lễ trai đàn cầu Quốc thái Dân an, xét thấy chữ “Chơn” đã phạm húy nên đổi lại thành “Linh Ứng Tự” và tên này được giữ nguyên cho đến nay.
Cũng giống chùa Tam Thai, chùa Linh Ứng qua năm tháng đã bị hư hỏng nhiều bởi chiến tranh và thiên tai, chùa đã qua nhiều lần được trùng tu sửa chữa, lần trùng tu lớn nhất vào năm 1985 những vẫn giữ được vẻ cổ kính. Hiện nay, chùa còn lưu giữ hai bảng vàng của vua Minh Mạng và Thành Thái ban tặng (Ngự Chế Ứng Chơn Tự Minh Mạng lục niên và Cải chế Linh Ứng Tự Thành Thái tam niên).
Linh Ứng Tự thờ Phật Thích Ca lớn ngay chánh điện, gian bên trái thờ Phổ Điền Bồ Tát và gian bên phải thờ Văn Thù Bồ Tát./.
BQL danh thắng Ngũ Hành Sơn
